א. מצוות ספירת העומר, בדומה למצוות ספירה נוספות בתורה, עוסקת בתקופת הביניים, בזמן המעבר וההמתנה. בין ימי החירות ליום מתן-תורה יש זמן, ול"זמן הבינתיים" הזה, לדרך, צריך לתת משמעות וערך. לשם כך אנו סופרים. כשסופרים ומתייחדים עם האופי המיוחד של ימים אלו, ימים של המתנה, ציפיה והכנה, ניתן למצוא בהם איכות מיוחדת, זיו מיוחד, שלא נמצא בימים אחרים. בפרשיית המועדות שבפרשתנו מופיעים הפסוקים הידועים על מצוות הספירה.
ב. כשנתבונן, נשים לב שישנה כפילות בפסוקים: וספרתם לכם ממחרת השבת... שבע שבתות... עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום. למעשה, ישנה כאן ספירה כפולה – ספירת שבועות וספירת ימים. וחז"ל עיגנו זאת בהגדרה הלכתית: "מצוה למימני יומי ומצווה למימני שבועי". אך ישנו הבדל נוסף בין הספירות, מלבד ההבדל שבין ימים ושבועות. בספירה הראשונה, ספירת השבועות, מתואר תאריך המוצא, שממנו סופרים – ממחרת השבת, ואילו בספירת הימים, השנייה, מוזכר תאריך היעד, שאליו סופרים – עד ממחרת השבת השביעית. הבנה זו באה לידי ביטוי חריף בשיטתו ההלכתית של ר' ירוחם, ביחס לשאלת תוקף ספירת העומר בזמן הזה (שנעוצה בשאלה האם הספירה תלויה בקרבן העומר). לשיטתו, ספירת השבועות בזה"ז היא רק מדרבנן, ואילו ספירת הימים – מהתורה. ספירת השבועות תלויה בנקודת המוצא, שהיא זמן הקרבת העומר, וכיום אין לנו לעת עתה עומר. ולעומת זאת ספירת הימים הינה תלויה בהקרבת העומר, ולכן תוקפה הוא מהתורה גם בזמן הזה. והדברים אומרים דרשני. נראה, שיש בספירת העומר תהליך כפול. אנחנו צועדים לקראת שבועות, אך "לוקחים איתנו" את פסח. בספירת השבועות אנו מנציחים את "ממחרת השבת", הקרבת העומר. שם נעוץ היסוד הלאומי, בחירת עם-ישראל, הסגולה הקדושה הטמונה בנו. גם לפני כל פיתוח, עיבוד והוצאה אל הפועל (עיין מאמרי ראי"ה). הכוח הקדוש החבוי בעם הולך ומתפתח ומתגלה, עד להבשלתו ביום מתן-תורה. הספירה של יום אחר יום הינה כיסופים, ציפיה והתכוננות לקראת ההשלמה של חג השבועות (עיין ספר החינוך). הספירה הכפולה יוצרת תהליך אחד, שבו הנקודה הפנימית הסגולית, העם, הולך וכוסף ובונה כלים שקבל אל תוכו את תכונת חייו בצורת צרכי חיים, הוראות תורה. ישראל ואורייתא חד.
ג. בגמרא במס' שבת (פ"ז) נאמר שלמרות שבד"כ חודש אייר הינו חודש חסר, הרי שבאותה שנה של יציאת מצרים ומתן תורה היה החודש מעובר. עניין זה הוסבר בעין-איה. חודש מלא הוא החודש העיקרי, בעל הערך העצמי, ואילו חודש חסר הוא האמצעי, הביניים. זהו חוש ההמתנה, בו לא התגלתה ההארה עצמה. בחודש המעובר מופיעים הימים המקודשים, כפי מהלך קדושת הזמנים. אבל, באותה שנה, היה חודש אייר חודש מעובר. ללמדנו, שבאותם ימי הספירה, האמצעיים, המשמעים לקודש, מסתתר אור עליון, אור שאולי העולם במצבו הנוכחי אינו ראוי לקבלו במילואו, ונותר ממנו רק רושם של זיו. האור הגנוז בנשמותינו, אור של "ישראל ואורייתא חד", אחדות ישראל והתורה, רוחם המקורי של ישקרל. בספירתנו, אנו מצרפים יחד את שתי היסודות, הסגולי-הלאומי עם הלימודי –רוחני, ומעוררים בקרבנו ציפיה פנימית ועדינה, בטוחה וחסונה להתאחדותם יחד לחטיבה אחת שלימה. העם והתורה, הסגולה והבחירה, האמונה התמימה והדעת (אורות קס"ז) – כולם פנים של מציאות אחת, שהולכת ומתגלה לנגד עיננו במפלאות תמים דעים, בייחוד בחודש זה, חודש הזיו, ועוד נזכה ונחיה ונראה בהמשך פעולת יד ה' הנטויה עלינו לטובה.