בדברים נשגבים אלו, חתם רבנו הקדוש את מסכת יומא, העוסקת ביום הכיפורים, ובפרק החותם אותה- כוחו של יום זה לכפר עוונותיהן של ישראל.
רמז רמז החת"ם סופר בדברים, וקשָרָם אל הימים הללו, ימי ספירת העומר: לפני מ"י- אתם מיטהרים. לפני יום החמישים (כמנין מ"י) אתם המיטהרים, עמלים לטהר עצמכם מכל סיג ופגם. ומ"י- ביום החמישים עצמו, חג העצרת, הוא- הקב"ה מטהר אתכם. בדיוק כמו בסדר טהרת המקוה, צריכה להיות קודמת לטבילה- החפיפה. בעמל קפדני וממושך, להסיר כל כתם ושמץ, כל חוצץ ומונע, ואז, כשהאדם מצידו סיים את היטהרותו, באים מי המקוה ובאחת, עושים הם את הטהרה האמתית.
אשריכם! כי חרף היגיעה והיֶזַע, הכרוכים בהזדככות והיטהרות זו שמצידנו, משַמַחת מאד היא הידיעה שהטהרה האמיתית היא למעלה למעלה מכל מה שאנו מסוגלים לעשות. ובידיעה זו מתמתקת גם המרירות שבעבודת הזיכוך וחביבים הם ייסוריו.
זהו רבי עקיבא, שבעודו עם הארץ, נעור וריק מכל תורה וחכמה, כבר היה מעולה וצנוע. ועם זאת היה אומר: מי יתן לי תלמיד חכם ואנשכנו כחמור. ואין זו סתירה (תוס' כתובות ס"ב) כי היה סבור שדווקא בהם, בתלמידי חכמים, פגימה מוסרית פנימית. פגימה החייבת זיכוך. אל הפנימיות חתר, אל העצמיות. לנשוך כחמור כדי לשבֵּר עצמות, מתוך חתירה לבנין חדש, שגם השלד שלו בריא ואיתן.
הוא רבי עקיבא שלימדנו (יבמות ס"ב): "לָמַד אדם תורה בילדותו, ילמד תורה בזקנותו. היו לו תלמידים בילדותו, יהיו לו תלמידים בזקנותו, שנאמר: "בבוקר זרע את זרעך ולערב אל תנח ידך" כי אינך יודע אי זה יכשַר ומעומק עצמיותו הוא למד את הלקח הזה. לעיניו, ומכוחו, קמה אימפריה של תורה, רבבות תלמידי חכמים. אך מסתבר שעדיין לא נזדכך הגרעין כל צרכו. לא תורה כזו יְיַסֵד רבי עקיבא. משהו, דק מן הדק, בפנימיות הלב, איננו מתוקן עדיין. לא נהגו כבוד זה בזה.
ושוב, מבראשית, בשממת העולם לאחר מיתת כל תלמידיו, הוא בונה מחדש את התורה, זַכָּה ונקיה. כברה כן תוכה. בא ושְׁנָאָה לרבותינו שבדרום. והם הם העמידו תורה אותה שעה.
ייסורים נוראים הם ייסורי הזיכוך. אך כשנושאים עין אל הגודל הנשקף מתוצאותיו, בוקעת הרגשת האושר הגדול. אשרינו, שמעתה ראויים אנו לטהרה הנזרקת עלינו ממרומים.
ומשרבו הימים המפרכים שעברנו כבר, כדי פי שניים הימים אשר נותרו אל היום האחרון, ביום השלושים ושלושה, חודרת אל הלב תחושת האושר בהשראת הטהרה הקרבה ובאה. מקוה ישראל ד'- מושיעו  בעת צרה.