ייחוסו של פנחס אל אהרון, בהקשר של קנאותו החריפה, בא להוציא ממבט שגוי על מעשהו. שכן את מעשהו זה של פנחס ניתן היה לייחס לשני שורשים אחרים בנפש, מקורות שונים לגמרי.
בספר הכוזרי מתבאר, שנטיות הנפש השונות מתחלקות באופן כללי לשתי נטיות מרכזיות: הכוח התאווני והכוח הכעסני. הכוח התאווני – התאווה, הוא הרצון להתחבר לסביבה, לחוש אותה, לחוות, לאהוב. בצורתו הנקיה והטהורה מתגלה הכוח בנטיית החסד ואהבת הזולת, ובצורתו העכורה והטמאה – בגילוי עריות ודומיו. הכוח הכעסני – הכעס, הוא הרצון להסתגר, להרגיש את "עצמי" בלבד, להפרד מהסביבה, להתנכר לזר שמחוץ לאדם עצמו. מכוח זה צומחות נטיית הכעס, האנוכיות והאדישות לסביבה, וכמובן בצורה החריפה ביותר – שפיכות דמים. נטיות האדם השונות נעות במתח שבין שני הכוחות – המתאווה המתחבר והכועס המסתגר (וראה בדוגמאותיו של הרמב"ם בפרק ד' משמונה פרקים, שחילק את המידות על זו הדרך).
ושני הכוחות הללו קיימים בכל אדם, אך פעמים אחד מודגש אצל זה יותר מאצל חבירו, ודוגמא לדבר: "כל מי שנקי מחטאי התאווה צריך שמירה יתירה בענייני כעס ורציחה שהוא עלול להם" (צדקת הצדיק קי"ז). על גבי הבחנה זו נוסיף עקרון נוסף: "יצרא דכעס הוא מיצרא דעבודה זרה" (תקנת השבין, עמ' 38).
שורש יצר עבודה זרה הוא התפיסה המפורדת של העולם. לעומת השלמות וההרמוניה שבאמונת הייחוד של ישראל, הרי שהע"ז מפרידה ומגבילה את הכוחות לצורה הפרטית הגלויה לעין, ותו לא. אותה נטיה המביאה לכעס שבה האדם רואה את עצמו כיישות זרה, מנוכרת ונפרדת מהסביבה, היא היא גם השורש לע"ז המגשימה את האלוקות ליישות המוגבלת המתאימה לאדם.
מעתה, נשוב אל פרשתנו. פגיעתו של פנחס בנשיא שבט מישראל מתפרשת אצל השבטים כהתפרצות של הכוח הכעסני, המתפרט ורואה את הזולת כזר ומנוכר. הם מזהים את המעשה כפעולה של שפיכות דמים ששורשה בנפש נעוץ ביצרא דעבודה זרה – ראיתם בן פוטי זה שפיטם אבים אימו עגלים לעבודה זרה (הוא יתרו, שאלעזר אבי פנחס נשא אחת מבנותיו). על כך באה התשובה האלוקית – פנחס בן אלעזר בן אהרון הכהן... לכן אמור הנני נותן לו את בריתי שלום. שורשו של המעשה נעוץ במקום אחר לגמרי. אדרבה, קנאותו של פנחס לא נבעה מכעס, התמרמרות, "עצבים", חוסר יכולת לקבל מציאות מעוותת. היא נבעה דווקא מנטיית החסד והאהבה, משורש הכהונה שבו. מתוך דאגה עמוקה למצבו של עם ישראל, מתוך רצון למנוע הרס נוראי – "ולא כיליתי את בני ישראל בקנאתי".

קנאות אמיתית איננה נובעת מהתקוממות האדם על כך שהמציאות אינה תואמת לתמונת המבט שלו, מעמדה של כעס וניכור כלפי המציאות, אלא מתוך תחושה עמוקה של אהבה, דאגה ואחריות.
ועוד יותר מכך – קנאותו של פנחס באה לגלות את השלום. עם ישראל נוטה אחר בעל פעור. זוהי עבודה זרה השפלה ביותר. הגבולות נמחקים. הכל אפשרי. לכאורה, אהבה גדולה, אחדות גדולה. אין מגבלות ואין מחסומים. ניתן "להתחבר", כפי שאתה, בצורה השפלה ביותר שלך, לעבודת האל. טשטוש הגבולות והסדרים, החיים ללא שימת גדר והבחנה בין מצבים – מציאות כזו איננה מביאה אחדות ושלימות, אלא להיפך. בראיה שטחית ודמיונית נראית כאן לכאוה אחדות, אך בתוך אחדות זו מסתתר הרס נוראי. בהתחברות ללא גבולות, באהבה ללא יראה, נותר האדם רק עם יישותו הפראית הנמוכה. לא מתפתחות בו תודה של כוחות עדינים, אציליים ורוחניים שבו. שום דבר לא עוצר "מפני היראה", והאדם הולם ושוקע בכוחותיו החומריים, שללא מעצור ושימת גבול מתגברים בצורה עיוורת ושתלטנית על כל תחושו החיים. ונמצא לבסוף שאין באדם אלא את נטיותיו אלה השפלות, שהן רק מנתקות אותו מסביבתו, מפרידות ומשאירות אותו לבדו. "לתאווה יבקש נפרד".

כנגד כיוון שכזה מתעוררת הקנאות וקוראת: האהבה מתגלית ע"י היראה, האחדות תופיע מתוך הבחנת הגבולות. התקשרות אמיתית לכוח כללי מאחד תבוא דווקא ע"י שנשים גדר וגבול לכל כוח, לא נטשטש ולא נמחק את ההדרגה שבכוחות, מהשפלים עד לגבוהים. הקנאות הזו היא זו שמביא את השלום, היא הרואה לנגד עיניה את התמונה המאוחדת באמת. "סטרא אחרא שרי (מתחיל) בחיבורא וסיים בפירודא, וסטרא דגדושא שרי בפירודא וסיים בחיבורא, ושם גופיה איקרי שלום" (עי' אוה"ק ב', ת"מ).
"ועליונה הדעה שקדושה הרוח, שאיפת שלום ואמת עליונה זו חיה בלבבם וע"כ עם עומק קנאותם לה' הם הם העומדים על הפיסגה העליונה של הנני נותן לו את בריתי שלום" (מוסר הקודש קפ"ג).