ויהי בנסוע היא פרשה בפני עצמה המפרידה בין פורענות לפורענות. הפרדה זו אינה מלאכותית אלא נועדה "לנחם" בתוך מגוון הפורענויות שלפני ואחרי. פרשיית המתאוננים משאירה אותנו באוירה לא ברורה. מצד אחד תחושת חדלון וייאוש מעם שאינו מאמין באהבת ה' אותו, כל הזמן מתלונן, לא מסתפק אפילו בדברים הטובים ביותר, פונה לתאוותיו ולא לחובותיו – באמת צריך נחמה!
מצד שני, המהפכים שמתרחשים בעקבות הדרישה - תלונה שהגיעה מגדולי העם או משוליו ייצרו שינוי גדול בכל מה שחשבנו על תנועת ישראל במדבר ומנהיגיו. המן, מאכל האמונה מתחלף בבשר, הנהגת משה מתחלפת בהנהגת יהושע כנבואת אלדד ומידד, הנהגת שרי המאות הנבחרים בגלל כישוריהם מוחלפת בהנהגת הזקנים הידועים בתור "זקני העם ושוטריו" ולאו דווקא בהיותם שונאי בצע וכו'.
גם בתחילת הפרשייה דואגת התורה להכהות את הרוע: "ויהי העם כמתאוננים רע..." ובהמשך, באכילת הבשר – "התקדשו למחר ואכלתם בשר...". יש משהו בתביעת הבשר ובשינוי ההנהגה המסמן אוירה חדשה בדרך המדברית.
הנצי"ב בהקדמתו לספר מסמן את עיקר המהלך בשינוי שחל בישראל מהנהגה ניסית להנהגה טבעית. אכילת המן, הלחם האידיאלי, היא אכן נפלאה. לחם ללא פסולת, טעם מותאם בדיוק...מדהים. אך עם ישראל – קצה נפשו בלחם הקלוקל, "כלום יש ילוד אישה המכניס ולא מוציא?", העממיות אינה מוכנה להמשיך לקבל את האוכל בכפית, עם ישראל רוצה לבנות בקרבו את תהליך הבירור, כמו בבירור האוכל בעיכול, כך בבירור הטוב והרע ברוח ובנפש. המדבר מחייב את ישראל לאט לאט לבנות אינסטינקטים של בני חורין, שפוגשים גם את חסרונות החיים, את ה"בשריות",ויכולים לה. "ועתה נפשנו יבשה אין כל...".
ההתפרצות לעולם כזה בטרם עת היא אכן פורענות, חוסר אמונה בתהליך, בדרך, ובכך שה' ומנהיגי ישראל אכן מובילים לקראת עולם כזה, אך מאידך היא מסמנת ודוחפת "מלמטה" את התהליך שייקח את העם עד לאין סוף.
ביחס לנבואת אלדד ומידד יש ג' דעות בחז"ל, משה מת ויהושע מכניס (שינוי הנהגה), על ירידת השליו (שינוי אופי ה"השגחה") וגוג ומגוג (השינוי האחרון...).
פורענותיהם של ישראל מופסקות בפרשת ויהי בנסוע, האור המפציע, הנצחי, שמראה שלמרות כל הקפיצות והפורענויות, יש משהו בישראליות שאינו חושש, לא מהתינוק הבורח בחוצפתו מבית הספר ולא מהרצון לברר לבד, עד כדי "תאווה".
ההנהגה האלוקית המופיע על ידי משה צריכה כח מלמטה, מתוך החיים, מהזקנים הקשורים אל העם, מיהושע שכחו בתורה שבעל פה. התאווה והתאוננות הם אמנם נפילה, אש וקברים אך גם הדרך לתקומה ולתחיה, לדור המדבר ולעתיד הקרוב והרחוק.