ניתן ללמוד כמה יסודות על הנהגתו של הקב"ה את עולמו מתוך עניין זה של המבול, ונציין שניים מהם:

א. ראשית, הביצוע של הניתוח הקשה מתעכב. ועד הרגע האחרון נפתחת אפשרות של תיקון מתוך הקיים ולא של חורבן. כך הם דברי רש"י על ציווי עשיית התיבה: "הרבה ריווח והצלה לפניו ולמה הטריחו בבניין זה, כדי שיראוהו אנשי דור המבול עוסק בה ק"כ שנה ושואלים אותו מה זאת לך והוא אומר להם עתיד הקב"ה להביא מבול לעולם, אולי ישובו". וגם כשהתחיל המבול לירד: "כשהורידן - הורידן ברחמים, שאם יחזרו יהיו גשמי ברכה, כשלא חזרו היו למבול" (רש"י לפסוק י"ב). דרכה של ההנהגה האלוקית היא לנסות לבנות ולשפר את המציאות מתוך הכוחות הקיימים בה ומתפתחים, ולא בשבירה ובהרס. "אמנם, אדון כל המעשים הוא אב הרחמים, והוא חס מלאבד כל יציר פחות וכל כוח מהמציאות, ע"כ רק במקום שאין דרך אחר נמצא, שם יוצאת המידה של השחת שרוף וכלה, אבל הדרך התמידי הוא לתקן בסבלנות באורך הזמן וברחמים רבים את המגרעות, באופן שגם הכוחות הרעים לא יאבדו מן העולם, כי אם ישמשו לטובה" (מתוך עין-איה שבת ח"א עמ' 47). וכך אנו אומרים בתפילת הנעילה: "כי לא תחפוץ בהשחתת עולם".

מידת רחמים זו, יש בה אמון גדול במציאות. מתוך המבט העליון של בורא הכל ישנו שורש לכל גילוי שבמציאות, וממילא יש לו תפקיד ומקום, "אין לך דבר שאין לו מקום". ומכיוון שכן, תמיד תהיה הדרך המועדפת דרך כזו המקיימת את הכוחות ומאפשרת להם להמשיך בהתפתחותם, מתוך אמונה וציפייה שהטוב שבהם יגבר על הרע, ותתברר הצורה הנכונה להתגלות הכוחות בטהרה ולא ח"ו בהיפך. מהנהגה זו למד אבינו הראשון, בעומדו למשפט לפני המקום בנסיון להצדיק את המשך קיומם של רשעי סדום ולמנוע את המידה של "השחת שרוף וכלה" מלהתגלות. על פי דברי הנצי"ב בהקדמתו לספר בראשית, זוהי מידת הישרות, שעל שמה נקרא ספר בראשית בשם "ספר הישר".

ב. היסוד השני, הנגזר מקודמו. מתברר בהדרכה לנח בימי המבול: "ובאת אל התיבה, אתה ובניך ואשתך ונשי בניך איתך", וכתב רש"י: "האנשים לבד והנשים לבד, מכאן שנאסרו בתשמיש המיטה". ההתכנסות של נח אל התיבה והתנתקותו מהסביבה איננה נובעת מחוסר עניין וחוסר אכפתיות אליה, ההיפך הוא הנכון. עזיבת המציאות בצורתה החיצונית וההתכנסות בעולם הפנימי היא כעת בניין המציאות. כשהצורה החיצונית נשחתה לגמרי, יש צורך בצורה חדשה, והתיבה היא שמירה על כל כוחות המציאות בתמציתם, בצורה גרעינית - יסודית. אין כאן ניכור למציאות, אדישות או שמחה לאיד, אלא דאגה עמוקה המלווה בגבורה גדולה של הצטמצמות בתיבה הקטנה.

ולכן אנו שרויים בצער כשהעולם בצער, מתוך ידיעה שזהו התהליך הנדרש וההכרחי על מנת שהעולם יוכל לצאת מסיבוכיו ומהשפלות אליה הגיעה.

ניתן לראות יחס זה גם בשני הפירושים למילה 'צוהר': "יש אומרים חלון ויש אומרים אבן טובה המאירה להם" (רש"י). מצד אחד - אבן טובה, בניין עולמנו הפנימי, שעתיד להיות בסיס לעולם חדש שיתפתח. וצד שני - חלון, מודעות למתרחש, זכרון לעולם שסביבנו, דאגה לו ולא התעלמות.

וזו הדרך מחנכת אותנו לכל אשר נלך. בכל פעם שנדרשת מאיתנו התכנסות, עזיבת מציאות כלשהיא, נדע ונזכור, עם הכאב והקושי שבעזיבה, שאיננו באמת עוזבים, איננו מתעלמים ואיננו אדישים. אדרבה, מתוך מודעות למתרחש במציאות ולמשמעות התהליכים, הננו מתרכזים בפיתוח הכוחות הפנימיים, ומתוכם ישאבו מים חדשים, יתגלו כוחות חדשים והשגות חדשות לבניין החיים ושכלול המציאות.