בכל ספרי התנ"ך מצויים רבדי הפרד"ס של הפירוש בהם. הגר"א בפירושו על יונה מבאר על דדרך הרמז – כהסבר ולימוד ההתמודדות של הנשמה עם ירידתה למציאות ומטרתה.
יונה שמסמל את הנשמה מצד אחד מלא נאמנות ומצד שני מתפתה בקלות. זוהי התמודדות שהנשמה נמצא בה, בעולם שלנו.נאמנת לעולם העליון אבל מתפתה לכל העולם החומרי, ועלולה ליפול ולהחמיץ.
